Istorija kompanije Bajer počinje prijateljstvom Fridriha Bajera i Johana Fridriha Veskota koji su 1. avgusta 1863. godine u Barmenu, današnjem predgrađu grada Vupertal u Nemačkoj, osnovali kompaniju “Friedr. Bayer et comp.” čija je osnovna delatnost bila proizvodnja i prodaja sintetičkih boja za tekstilnu industriju.
U decenijama koje slede Bajer postaje internacionalna hemijska kompanija koja širi svoj obim poslovanja između ostalog i u oblastima farmacije i poljoprivrede. Naredne godine donosile su brojne inovacije i intenzivni razvoj kompanije. 1892. počinje prodaja prvog sintetičkog insekticida Antinonina, naučnik Feliks Hofman otkriva „lek veka”, Aspirin®, koji je lansiran na tržište 1899. godine, 1914. godine počinje prodaja fungicida Uspulun za tretman semena pšenice, a 1937. godine Oto Bajer okriva poliuretane koji se do današnjeg dana koriste u mnogim granama industrije.
Vek nakon osnivanja kompanija Bajer zapošljavala je više od 80 000 ljudi širom sveta, a godine nakon stogodišnjeg jubileja donele su dalju ekspanziju i velika ulaganja u istraživanja i razvoj, pa 1979. godine počinje građenje Poljoprivrednog centra u Monhajmu. Nakon pripajanja sa kompanijom Aventis CropScience 2002. godine,sa sedištem u Monhajmu u Nemačkoj i Lionu u Francuskoj, kompanija posluje na svim kontinentima i ima preko 120 predstavništva. Od 7. juna 2018. godine, Bajer je postao jedini vlasnik kompanije Monsanto, čijom je akvizicijom stvorena vodeća kompanija u oblasti poljoprivrede sa velikim mogućnostima za inovacije, odličnim portfolijem proizvoda i najvišim etičkim standardima.
Od samog osnivanja do danas, sa preko 150 godina rada i iskustva, zahvaljujući neprekidnom istraživanju i velikim ulaganjima u razvoj novih tehnologija, ime kompanije Bajer postalo je sinonim za proizvode vrhunskog kvaliteta.